メダカの卵はさまざまな原因でふ化しないことがあります。未受精卵は白く濁っており、潰れやすいので簡単に見分けがつきます。受精卵は透明で張りがありますが、やはり環境の悪化で死んでしまい、カビて白っぽくなることがあります。孵化条件は、水温、水質、日照時間などに影響される。卵の生育に最適な水温は20℃～28℃、メダカの卵の孵化には14時間以上の日照が必要です。室内水槽の日照不足は、水槽照明で人工的に太陽光を与えることで補うことができます。メダカの卵をうまく孵化させるためには、水温と日照をコントロールする必要があります。
メダカの卵をうまく孵化させるためには、最適な水温と水質を保つことと、エアポンプで十分な酸素を供給することが大切です。水換えは定期的に行い、水質を一定に保つためにメイン水槽から水を汲むことをお勧めします。ろ過フィルターは必要ない場合もありますし、卵に有害な場合もありますので、エアポンプを使用するのがよいでしょう。夏場は水質の悪化を防ぐため、水温の監視と調節が肝心です。ヒーター付きの水槽では年間を通して産卵が可能ですが、産卵箱や隔離ネットを使用することで温度調節が可能になります。
メダカの種類には楊貴妃メダカなどが有名です。楊貴妃メダカは2004年に登場してから20年近く改良メダカの人気の最前線にいる品種です。このメダカはメダカブームの火付け役になっています。